Po pierwsze, nie ma dowodów, że osoby zakażone HIV mogą być wyleczone przez obecnie dostępne terapie. W rzeczywistości osoby, które są leczone dostępnymi lekami przez wiele lat i wielokrotnie stwierdzono, że nie ma wirusa w ich krwi to doświadczenie mówi że jest możliwość szybkiego odbicia się i zwiększenia liczby cząstek wirusowych, gdy terapia zostanie przerwana. W związku z tym decyzję o rozpoczęciu leczenia musi być zrównoważenie ryzyka w porównaniu do korzyści z leczenia.

Ryzyko związane z leczeniem tych krótko-i długoterminowych skutków ubocznych leków, opisanych w dalszej części, jak również możliwość, że wirus będzie odporny na leczenie, które mogą ograniczyć możliwości leczenia w przyszłości.
Ważnym powodem, że HIV się rozwija jest to, że u pacjenta nie udaje się prawidłowo po wyznaczonym leczeniu utrzymać stężenia, na przykład, nie stosując leków w odpowiednim czasie. Jeśli wirus pozostaje zauważalny w danym schemacie, odporność na końcu będzie się rozwijać. Rzeczywiście, z niektórych leków, odporność może rozwinąć się w ciągu kilku tygodni, na przykład z lamiwudyną (Epivir, 3TC), emtrycytabina (Emtriva, FTC) oraz leków w klasie analogicznej nonnucleoside odwrotnej transkryptazy (NNRTI), takich jak newirapinę (Viramune, NVP), delawirdynę (Rescriptor, DLV) i efawirenzu (Sustiva, EFV).

Tak więc, jeśli te leki są stosowane jako część kombinacji leków, które nie eliminuje wirusa do niewykrywalnego poziomu, obniżenie odporności na szybki rozwój i leczenie traci skuteczność. W przeciwieństwie do HIV staje się odporne na niektóre inne leki, takie jak zydowudyny (Retrovir, AZT), stawudyna (Zerit, D4T) oraz inhibitory proteazy (PI) w ciągu miesięcy. W rzeczywistości, dla niektórych PI, których skutki są większe, dając im w połączeniu z PI, rytonawir (Norvir, RTV) do opóźnienia ich przyswojenia przez organ, opór wydaje się być znacznie opóźniony. Leki te są bardziej szczegółowo omówione w dalszych częściach, ale ważne jest, aby pamiętać, że gdy rozwija się odporność na jeden lek, często prowadzi do oporności na inne leki związane z tzw oporności krzyżowej.