Jeden z najbardziej kontrowersyjnych obszarów w leczeniu choroby HIV jest zdecydowanie się na najlepszy czas na rozpoczęcie leczenia przeciwwirusowego.

Oczywiście, w trakcie terapii objawowej łagodnej i na  etapie opóźnienia progresji choroby AIDS oraz leczenia osób z AIDS opóźni i oddala wiezję śmierci. W związku z tym większość ekspertów już dawno uzgodniła, że pacjenci, którzy mają powikłania spowodowane zakażeniem wirusem HIV, takie jak pleśniawki (drożdże zakażenia w jamie ustnej), przewlekłe niewyjaśnione biegunki, gorączka, utrata masy ciała, zakażenia oportunistyczne, lub otępienia (np. zapominanie) powinny rozpocząć leczenie w kierunku przeciwwirusowym, nawet jeśli objawy są łagodne. U pacjentów, którzy nie mają objawów, jednak istnieje więcej wątpliwości także proponuje się takie rozwiązanie. Większość zaleceń dla tej grupy są oparte na badaniach klinicznych jak i wymuszone czynnikami, takimi jak liczba komórek CD4. Można sobie wyobrazić, że leczenie staje się łatwiejsza do podjęcia, lepiej tolerowane, i coraz bardziej skuteczne, im szybciej rozpoczęta zostanie terapia tym leczenie będzie skuteczniejsze.
Czas rozpoczęcia leczenia przeciwwirusowego
Wytyczne do rozpoczęcia terapii przeciwwirusowej zostały zaproponowane ekspertów z różnych grup, w tym DHHS i IAS-USA. Zalecają traktowanie wszystkich pacjentów, u których objawy występują ale i tych, którzy maja poziom CD4 poniżej 350 komórek w mm3. Analiza ostatnich danych na poparcie nawet wcześniejszego rozpoczęcia terapii obejmuje analizy grupy chorych po pewnym czasie. Mimo, że dane są niepełne, najnowsze badania wykazały, że ci, którzy rozpoczęli leczenie limfocytów CD4 powyżej 500 komórek w mm3 rzeczywiście byli mniej narażoni na śmierć niż osoby, którze nie rozpoczęły leczenia i u nich ilość komórek CD4 spadła do poniżej 500 komórek / mm 3. Ponadto, istnieje coraz więcej dowodów, że zachodzącej replikacjia wirusa, nawet w przypadku wystąpienia wysokich wskaźników komórek CD4 może być związana z uszkodzeniem mózgu, nerek, serca, a nawet wątroby.